单质肥料中，不同形态的肥料，适合的作物、施肥时间等也不同：
例如硝态氮适宜于多数旱地、秋冬季节效果比铵态氮好；氯化钾适合于水田以及注重纤维的作物，当然硝酸钾更好；
而粉剂磷酸二氢钾对有关淀粉、糖度等的作物效果更佳；对于烟草、葱蒜等富含芳香物质的作物，碳铵就比尿素更加适合……不同产地、生产工艺的单质肥料，其纯度不同，杂质含量各异，自然其使用效果也存在很大差异。
例如农业生产中经常出现过磷酸钙烧苗的情况，往往是因为其中游离酸、三氯乙醛和三氯乙酸等含量过多引起；有些尿素缩二脲超标引发烧叶伤苗；很多磷酸二氢钾在果实幼果期使用会导致果皮疤痕，而有些却不会，都是因为肥料品质差异的因素。这包括了肥料的外观形式、含量、重量、成份等方面。如晶体状肥料相比粉状肥料使用不当更容易伤叶；缓控释肥工艺缺陷引起养分释放出问题；含量、重量的差异导致用户用量与计划不一等。
在肥料生产门槛低，监管存在不足、不到位的情况下，有些商品肥在这方面也存在一定的问题，影响了使用效果。不同作物、不同生长阶段的养分需求存在很大的差异，在使用前，应根据肥料性能、作物需肥要求、生产管理模式去选择肥料。
比如，多数作物在苗期对磷的要求较高，后期对钾的需求更大，因此磷肥、平衡性复合肥更适宜于底肥；水溶性肥料、高钾型复合肥适宜于后期追肥；在作物即将进入生殖生长前应停用高氮肥料，改用磷钾高些的肥料，膨大效果会更好。当然也要注重中微量元素的补充，偏施氮磷钾，也会造成严重后果。施肥时间还包含一天中适宜施肥的时间问题，早中晚气温、湿度有差异，建议避开中午高温、高湿、强光时施肥，特别是叶面施肥时，这样有利于避免伤害作物根系、嫩梢和叶片。
生产中常见的有地表撒施、兑水施用、埋施、冲水漫灌、膜下滴灌和叶面喷灌等方式。最好的方式是膜下滴灌和埋入土壤中覆盖，撒施效果最差！
叶面追肥适合于作物生长高峰期，根系、传输系统无法及时提供足够养分，以及适当快速补充中微量元素时使用。现在有枝干注射养分的方式效果也不错，便于养分的调控。例如：果树一般视树体大小在离树干30-50cm外、树冠滴水内确定一个环形带作为最佳施肥范围来施肥，在这个环形带内还可再确定穴施、条施、放射性沟施等，而磷肥则在这个环形带内集中在根系密集处施用效果较好。
施肥位置离植株过近，还容易导致烧苗、损伤树茎。至于施肥深度，应依据作物种类确定，地表以下5-40cm范围为佳。对于通过地上部分补充养分，首先是叶背利用比叶面好，健壮叶片比老叶利用得好；其次，不同养分在植株不同部位效果不一，如补充容易转移的元素，老叶要重点喷施，还不易出问题。
要根据土壤、作物生长情况、产量（包含根、茎、叶、花和果实）等因素确定底肥用量，追肥时还应考虑底肥情况、施肥间隔期来确定追肥的数量。盲目数量的施肥，不是导致作物脱肥早衰，就是引起作物徒长和肥料及人工的浪费。
关于肥料的混合施用，应考虑肥料混合后是否会引起肥料挥发、固化等因素，例如酸碱度是否一致、是否发生反应、是否产生拮抗作用。
大多数时候钙肥应该单独施用，避免影响钙和其它养分的利用，磷酸盐容易和铁、锰等产生结合，影响磷和微量元素的利用；有时有些肥料混合后会产生吸湿现象，也会影响肥料的使用和利用。不同作物、同种作物不同品种之间对肥料养分需求存在差异，一概而论的施肥，既不能满足需求，也易产生脱肥问题。
例如豆科作物和瓜类作物，还有这些作物的不同生长阶段需氮差异极大；同种作物不同品种其长势有时区别很大，对养分的需求也差异巨大，因此应该根据其特性施肥。
作物生长中，长势各不相同，有苗期的、中后期的，有健壮的、徒长的，有长势极差甚至早衰的，有生病的、虫害侵袭的。
应充分考虑作物生长状况来确定如何施肥、施多少肥。特别应该注意作物根系生长状况，这点很容易忽视！因其生长状况不同对养分的吸收能力差异较大，有时根系较差，施肥过多反而加剧损伤根系，导致越施肥作物越是不长甚至萎缩。土质的差异，如沙壤土、粘土保水保肥能力差异极大，引起土壤中养分出现容量差异；
土壤PH值差异，直接引起作物养分吸收障碍，如有些土壤盐碱度和PH值较高，铁、锌、钼等无法被吸收利用，生产中还应注意氯离子危害；PH值的高低还影响同期铵态氮和硝态氮的吸收；有些连作时间太长，土壤中有毒、有害物质积累过多影响作物正常生长，应该合理换茬并配套施用微生物菌剂效果才好。这个因素包含了土壤湿度、空气湿度、降水等，施入土壤中或叶面的养分受水分因素影响很大，如影响施肥浓度、肥料的释放速度、肥料理化性质的转变、肥料的流失等等。
例如：受技术、工艺水平影响，现在很多控释肥实际上对水分要求较高，并不一定如厂商描绘的释放完全不受水分影响，更何况普通复合肥？再如在过于干旱的情况下，硼不易被吸收，在过涝时，铁不易吸收；雨季施肥时因方式的缺陷加剧肥料的流失。因此，水分也是影响肥料利用的一个因素。一方面，温度的差异不仅会影响根系对养分的吸收，也会因气孔的开闭进而影响对叶面补充养分的吸收。
例如春季低温时，作物根系对钙、镁的吸收很差，常常引起植株出现缺钙、缺镁的症状；高温时养分吸收得较好，易出现植株徒长。另一方面，温度的变化对肥料的理化性质也有很大影响，高温时流失得多，例如碳铵在高温时挥发得更多。在大棚中，温度过高时经常产生肥害，应注意通风降温，排除多余有害成份。这点往往不太引起大家的注意，因为光照强烈时一般温度很高，都把原因归结到温度因素上去了。
例如，强烈光照条件下，对锌的吸收影响极大，有时在生姜上可以看到白叶，这也是因为生姜对锌、铁等微量元素的吸收出现问题才发生的；茶叶在强光下也会出现养分吸收问题。在施用叶面肥时，因强光对叶片气孔的影响而影响肥料的吸收。强光往往伴随高温而引起植株失水过多，甚至导致肥害的发生。另外，人为及机械因素导致施肥撒布不均、大气流动引起叶面施肥喷施不均、种植设施的缺陷等等都容易干扰和影响肥料的利用。
