菌肥是微生物肥料的俗称，它是一种带活菌体的辅助性肥料。
土壤中存在着大量的微生物（包括细菌、真菌、放线菌），一般每克土含有几亿至几十亿个微生物。
有些对作物生长发育有益，有些则有害。
人们用科学的方法从土壤中分离、选育有益微生物，经过培养、繁殖、制成菌剂，将这些菌剂应用于农业，使作物增产，称为菌肥，又叫做微生物肥料。
目前我国生产和应用的菌肥主要有根瘤菌、固氮菌、磷细菌、钾细菌、抗生菌肥料等。
菌肥是通过有益微生物的生命活动，拮抗有害微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物营养条件，增加土壤肥力。
施用菌肥有菌液叶面喷施、菌液种子喷施、拌种和固体菌剂与种子拌和作为菌肥等。
（活菌通过自己的活动，分解土壤里的营养物质变成植物可以吸收的养分，分泌一些对植物生长有用的物质，也有有效菌死去之后留下的物质。）具体每一种活性菌有自己主要的作用，不是一种活性菌具备以下所有的作用。增加营养元素的有效含量、减少化肥施用，增加有机肥效果。帮助植物吸收营养、刺激植物生长，增加植物抗逆性、让植物长得更好。植物无机态的营养就是一些离子，化肥溶于水由分子态变成离子态，植物好吸收，因为它带电荷，利于植物吸附。有机态的营养是好多原子在一起组成的大分子，不太容易被吸收，菌肥的作用是把有机态的氮磷钾变成无机态的，利于植物吸收。一般认为这些细菌可以通过分泌酸和酶，把难溶性的磷元素（无机磷化合物）变成可溶性的，把有机态的磷变成无机态的。
一般认为这些细菌可以通过分泌酸，溶解硅铝酸盐类矿物，释放钾素营养，这些营养能供给植物也能给自己用，当细菌死后，体内富含的钾会释放出来，产生的激素、氨基酸会促进植物生长，抑制其他病原菌生长。
1，对植物的效果
帮助植物吸收营养、刺激植物生长，增强抗逆性。
菌根菌剂，主要是VA菌根，也叫从枝状菌根。它们也是跟植物根系在一起的，但是不像根瘤菌，它们把根插到植物根里，自己再长出一些根毛样的东西，协助植物吸收营养。
它不是特别认植物，能跟大部分的植物结合，在果树上用得比较多。
连作会有土传病害，这些病菌能在土里能活1-2年乃至10年8年，重茬长欠好，跟这个关系特别大。
放线菌会发生抗生素把微生物都杀死，能够有效保护植物的根。
放线菌还会发生一些物质，提醒根系它的周围有危险，让植物发生茉莉酸之类的物质抵抗有害的菌。一方面把有害菌杀死了，另一方面还让植物自己提高抵抗力。
1、根据田间实际情况对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。 2、根据土壤墒情施用菌肥的最佳温度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。一起还应把握固氮菌适合的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度最为适合。 3、不能和其他农药混用为避免活菌致死注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。一起还应避免与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的进程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。 4、与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害效果，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。 5、因量制宜对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥替代氮肥不能一会儿习惯，因此，其替代理应做到第一、二、三年分别替代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能削减。 6、因时制宜生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果最佳。7、不同种类的菌肥也不宜混用。目前，市场上的菌肥种类许多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有彼此抵制效果还不是很清楚，若彼此抵制，则会降低肥效。
